Региональные аспекты переходного периода обусловлены физико-географическими факторами или многовековым историческим наследием: огромная территория и ее периферийное положение в Евразии, суровые климатические условия и низкая плотность населения на большей части территории, пространственный разрыв между сосредоточениями природных ресурсов, населения, производства. Все это — постоянный фон для регионального развития страны. Другая группа современных региональных особенностей России — это следствие пространственной организации хозяйства, осуществлявшейся в советский период.

До конца 1980-х гг. проводилась активная политика изменения размещения производительных сил страны, результатами которой явились масштабное освоение природных ресурсов периферийных регионов и общий сдвиг производительных сил на Восток и Север, индустриализация и урбанизация ранее отсталых аграрных регионов, создание новых транспортных коммуникаций. Однако многие формы пространственной организации, характерные для административно-плановой системы централизованного управления и экстенсивного экономического развития, стали неэффективными в новых экономических, социальных, политических условиях. Наибольшие заботы создают такие свойства сложившейся пространственной структуры национальной экономики, как чрезмерная концентрация многих производств,  узкая специализация регионов, большие расстояния между производителями и потребителями, существование моногородов (в том числе “закрытых”), сращивание социальной инфраструктуры поселений с производственными предприятиями, избыточное население на Севере, многочисленные зоны экологического бедствия, критическое состояние малых городов, деградация многих сельских местностей. Это тяжелое наследие нельзя объяснить только просчетами в планировании и управлении, хотя их было немало. Решающее влияние имели коренные, качественные свойства существовавшей государственно-экономической системы: экстенсивная эксплуатация природных ресурсов, компенсирующая неэффективность их использования (отсюда непрерывное движение в новы сырьевые регионы), милитаризация экономики (в том числе создание городов и целых агломераций с преобладанием предприятий ВПК), хроническая нехватка ресурсов на развитие нормальной коммуникационной и социальной инфраструктуры, политический экстремизм, выражавшийся в принудительном переселении крестьянства, создании архипелага ГУЛАГ. Вместе с тем появление новых энергетических и сырьевых баз, строительство большого числа крупных предприятий, повышенный спрос на рабочую силу и материальные ресурсы, поддерживание роста производства и т.д. несомненно поддерживали живучесть экономики страны и ее регионов.